“二線”為橫琴與內地之間，通道主要包括橫琴大橋、橫琴隧道、深井通道、橫琴碼頭、廣珠城軌延長線橫琴站及長隆站、十字門隧道（臨時出島）。深合區進入內地的免稅、保稅貨物，應當向海關如實申報，接受海關監管；其中，由深合區內企業生產、含進口料件在深合區內加工增值達到或超過30%的貨物，經“二線”進入內地免征進口關稅，按規定徵收進口環節增值稅和消費稅。經深合區對外開放口岸免稅放行入區的物品，通過個人攜帶或寄遞方式從深合區進入內地時，以自用、合理數量為限，海關參照自澳門進入內地進境物品有關規定實施監管、徵稅。

橫琴“二線”通道

        同時，深合區內免稅或保稅貨物及其加工製成品銷售給個人的，以及經“二線”進入內地內銷的，在分線管理財稅政策的角度視同進口，已經完稅的不需要再繳稅，未完稅的原則上需要繳納相應的稅款。有效認定物品來源，透過購物票證、包裝標識、中文標籤等手段，可以綜合認定物品是內地購買還是從澳門進口的免稅品。海關也會透過抽查方式進行監管。

        內地經“二線”進入深合區的有關貨物視同出口，按規定實行增值稅和消費稅退稅，涉及出口關稅應稅商品的徵收出口關稅。以及加強監管，加強對重點商品的管理，對走私等行為依法進行處理，切實防範風險。

        區內實現自由涵蓋了保稅貨物的“存儲自由”、免稅物品的“使用自由”以及保稅貨物的“流轉自由”三項含義。

        為支援科技研發和高端製造產業等“四新”產業發展。海關支持合作區開展保稅加工、保稅倉儲、保稅研發、保稅維修等業務。

        除另有規定外，區內保稅存儲貨物不設存儲期限；免稅物品正常消費使用。經深合區的對外開放口岸免稅放行進入合作區的個人攜帶和寄遞物品，免稅放行後可以在深合區內正常消費使用；區內貨物自由流轉。海關保稅貨物實行電子帳冊管理，允許企業自主選擇核銷周期、自主辦理帳冊報核。保稅貨物可以在經營保稅業務的企業間自由流轉。